Fundusz Małych Projektów został zapoczątkowany w ramach Programu Współpracy Przygranicznej Polska – Niemcy Phare 1995. Początkowo Fundusz ten obejmował swoim działaniem cztery Euroregiony na granicy polsko – niemieckiej. Jednak w ciągu kilku kolejnych lat dzięki utworzeniu przez Komisję Europejską nowych programów Fundusz objął swoim zasięgiem Euroregiony na wszystkich granicach Polski. Charakter i wysokość dofinansowania projektów zależała m.in. od położenia euroregionu. Niektóre euroregiony z racji swojego położenia  korzystają z dwóch programów np. Euroregion Pomerania zarówno z programu Niemieckiego, jak i Programu w Regionie Morza Bałtyckiego. Podobnie z dwóch programów korzysta Euroregion Bałtyk, Niemen, Karpacki i Nysa.

Zgodnie ze wskazówkami Komisji Europejskiej środki FMP są przeznaczone głównie na tworzenie „transgranicznych więzi i połączeń o charakterze międzyludzkim”. Unijna dotacja przeznaczona jest na projekty, których wartość nie przekracza 50 000 EUR dofinansowania i które  związane są z organizacją seminariów, warsztatów, szkoleń, w tym językowych, tworzeniem transgranicznych instytucji społecznych i gospodarczych, wspieraniem wymiany młodzieży, rozwojem turystyki. FMP dofinansowuje przedsięwzięcia wynikające ze współpracy jednostek samorządowych i organizacji non profit z partnerami po drugiej stronie granicy. Wszystkie przedsięwzięcia realizowane ze środków Funduszu muszą być zgodne z ogólnymi zasadami programu Phare CBC oraz Wytycznymi Funduszu. Szczególnie ważny jest efekt transgraniczny realizowanych projektów. Dzięki przedsięwzięciom finansowanym ze środków Funduszu ludzie po obu stronach granicy mają okazję się spotkać, wymienić doświadczenia i budować pozytywne stosunki.